Версий может быть несколько, но вроде может быть две основных:
1. Завоздушена топливная система - стоит посмотреть состояние трубок и затяжку хомутов
2. (Навеяно фразой о замененном фильтре) - забита сеточка на входе в ТНВД - часто это бывает как раз после установки некачественных топливных фильтров
. Поскольку со вторым я никогда не сталкивался (на обоих насосах ее не было). Но симптомы - недостаток поступающего топлива при повышении оборотов двигателя.